Autexis surgió de Hauser Steuerungstechnik AG, fundada por Theo Hauser en 1982. La cartera de Hauser Steuerungstechnik incluía soluciones de automatización inteligente que abarcaban desde la consultoría y la planificación de proyectos hasta la implantación de sistemas de automatización de procesos y MES. Para gestionar su sucesión, Hauser cedió la dirección de la empresa a Philippe Ramseier en 2012, quien se hizo con la mayoría de las acciones al año siguiente en el marco de una compra por parte de la dirección. En 2015, la empresa se reorganizó y el negocio se organizó en dos empresas separadas. Autexis Control AG, por un lado, implementa soluciones de automatización inteligentes para sus clientes, mientras que Autexis IT AG ofrece soluciones informáticas y móviles que incluyen consultoría, desarrollo de estrategias y formación sobre Smart Factory. Ambas empresas están unidas bajo el paraguas de Autexis Holding AG. En 2020, Autexis y el Grupo Rotzinger establecieron una asociación estratégica en virtud de la cual Rotzinger adquirió una participación minoritaria en Autexis Holding.